Per cancellare un server virtuale fai
Codice:
serverstop sid=ID
serverdelete sid=ID
?

Comunque con serverlist non si basa sulle cartelle presenti, ma su quelli presenti nel database (nel file ts3server.sqlitedb, in cui vengono rimossi correttamente), per questo non te li mostra.
Puoi cancellare le cartelle dei server non più esistenti anche a mano, fa molta attenzione a non cancellare quelli esistenti.