Risolto sul posto.
Un dettaglio importante al quale non ho mai badato per errore: il gruppo server in questione non aveva il grant in nessun permesso. Il grant (nella traduzione italiana "Concessione") è il valore massimo che un determinato gruppo può permettersi di impostare nella modifica dei permessi dell'oggetto che vuole modificare (un altro gruppo, un canale, un client, ecc.).
Riporto con un esempio quello che succedeva: il gruppo Admin aveva potere 75 di modifica del permesso X, poteva quindi modificare il permesso X ma dando un valore massimo di 0 (perchè grant inesistente).

Nota: nel caso un permesso non concesso avesse comunque il grant ad un determinato valore, il gruppo con tale permesso non avrà comunque potere decisionale per tale permesso. In breve: se hai il grant ma non il permesso stesso non ti preoccupare, perchè comunque non potrai mai usufruire di tale permesso.